Linux小技巧：如何后台运行命令

估计有很多做生信的小伙伴用的服务器都不带有类似slurm的job handler，所有命令都必须在前端跑。其实真的需要一直盯着前端吗？遇到断网、没电、或者不小心关掉终端，几个小时直接白跑 应该怎么办呢？今天来分享一些在服务器上"让程序自己跑"的小技巧，让你不再需要担心一夜回到解放前～

最简单的方案：nohup

如果你只是想让程序在后台运行，最基础的方法是使用nohup命令：

nohup your_command &

比如：

bashCopynohup cellranger count --id=sample1 ... > run.log 2>&1 &

这样程序就会在后台运行，并且把输出写入run.log文件。即使你关掉终端或者断网 ，程序也会继续运行。末尾的&表示在后台运行，2>&1表示把错误信息也写入日志。

但是用nohup有个问题：你没法随时查看程序运行的状态。如果想看看进度，只能去翻日志文件...这就很不优雅了！

进阶方案：screen

screen 是一个非常好用的终端复用工具。它就像给你的命令创建了一个"虚拟终端 "，你可以随时进入查看，也可以随时离开。

没有sudo权限？没关系！如果没有sudo权限（比如共用的服务器），可以使用conda安装：

conda -c conda-forge install screen

或者在自己的目录下编译安装：

# 下载screen源码
wget https://ftp.gnu.org/gnu/screen/screen-4.9.0.tar.gz
# 解压
tar -xzf screen-4.9.0.tar.gz
cd screen-4.9.0
# 配置并安装到自己的目录
./configure --prefix=$HOME/.local
make && make install
# 把screen加入PATH
echo 'export PATH=$HOME/.local/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

screen的基本用法

1. 创建新会话：

screen -S my_run  # my_run是会话名称，可以随便取

2. 在会话中运行你的命令：

 # 仅示例
cellranger count --id=sample1 ...

3. 暂时离开会话： 按Ctrl+A，然后按D (保持Ctrl+A按下)

4. 回到会话：

screen -r my_run

5. 查看所有会话：

screen -ls

6. 关闭会话： 进入到需要关闭的会话中，输入exit

是不是很简单？你可以创建多个screen会话，比如一个跑cellranger，一个跑R分析，想看哪个就进哪个～退出终端了也没关系，重新登录上服务器时回到会话就可以了。

进阶方案：tmux

如果你觉得screen不够优雅，还可以试试tmux 。tmux比screen更现代，界面也更好看。同样的，没有sudo权限也可以自己装：

conda安装：

conda -c conda-forge install tmux

自己编译安装：

# 下载源码
wget https://github.com/tmux/tmux/releases/download/3.3a/tmux-3.3a.tar.gz
tar -xf tmux-3.3a.tar.gz
cd tmux-3.3a
# 配置安装
./configure --prefix=$HOME/.local
make && make install
# 加入PATH
echo 'export PATH=$HOME/.local/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

tmux的基本用法：

1. 1. 新建会话：tmux new -s my_run

2. 2. 暂时离开：Ctrl + B，然后按D

3. 3. 回到会话：tmux attach -t my_run

4. 4. 查看所有会话：tmux ls

小贴士

如果使用共享服务器的话，注意不要同时开太多窗口，占用过多资源哦！还有，无论用哪种方式，建议都把输出写入日志文件 ，方便查看:

your_command > run.log 2>&1

如果你用tmux/screen，可以开多个窗口，一边跑程序一边看日志：

# 在tmux中按Ctrl+B再按C创建新窗口
# 在新窗口中
tail -f run.log  # 实时查看日志

好啦，有了这些工具，以后就再也不用担心断网、断电导致任务中断啦！你们最常用哪种方式在服务器上跑程序呢？欢迎在评论区分享你的经验～