qPCR工具更新!
qPCR工具更新!
之前给大家分享了自己写的一个shiny app,可以一键分析qPCR数据,计算ddCt和fold change并且画带统计的柱状图(详见一个简单的qPCR小工具),没想到大家积极尝试,我也因此收到了不少宝贵的建议,感谢大家喜欢🙏
根据大家提的建议做了一些改进,详情如下:
统计方法调整
特别感谢@Emberwhirl在统计方法上的建议。1. 上一个版本的统计检验是在fold change上进行的,不符合ANOVA的正态分布假设。2.0版本改为在ddCt上进行,并且增加了可以在dCt上进行统计检验的选项。2. 增加了Kruskal-Wallis的post hoc检验3. 增加了FDR(Benjamini-Hochberg), Holm等p值调整方法
绘图优化
1. 增加了使用+-ddCt, +-dCt绘图的选项2. 增加了箱线图、小提琴图、蜂群图的选项3. 可以调整多图的列数了
UI优化1. 改成了更现代、简约的“yeti”主题2. 将高级设置放进折叠栏,现在设置界面更简洁了3. 增加了中文UI(帮助部分还没修正好💦),现在可以右上角切换中/英了4. 现在可以在数据预览界面双击修改/排除异常数据(所有数据更改都可追溯)5. 在GitHub中添加了示例数据(xlsx和csv)
更新后的版本已经在这里(https://apps.bioinfospace.com/qpcr-analysis/)上线了;如果遇到人多的情况可能会暂时反应比较慢/无法访问,等一会儿再刷新就好啦!(注意,刷新浏览器会导致之前的数据丢失)
本工具完全开源,源码可查看https://github.com/mianaz/qpcr_tool (MIT License)。文档里也提供了自己利用rsconnect部署的方法~
新版本同样欢迎大家多多使用多多反馈!