在 DigitalOcean 上部署 Shiny Server

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在 DigitalOcean 上部署 Shiny Server

在 DigitalOcean 上获取 Shiny Server

在 DigitalOcean（或任何 Ubuntu 服务器）上获取 Shiny Server

TL;DR: 通过在 Linux 机器上安装开源 Shiny Server，将 R Shiny 应用部署到网络。涵盖 R 安装、服务器配置以及如何托管多个应用或用户目录。

为何要自行托管？

像 shinyapps.io 这样的服务很棒，但自行托管 Shiny Server 提供以下优势：

  • 成本节约： 每月 5-10 美元的 VPS 对比昂贵的高级套餐。
  • 控制权： 无活跃时间或实例大小限制。
  • 隐私性： 将数据保留在您自己控制的基础设施上。
  • 自定义域名： 轻松使用 apps.yourlab.com。

第一部分：先决条件

从一个全新的 Ubuntu 22.04 或 24.04 服务器开始（参见设置远程服务器）。

1. 安装 R

使用官方的 CRAN 仓库以获取最新的 R 版本（Ubuntu 默认版本通常较旧）。

# 更新索引
sudo apt update -qq

# 安装用于添加仓库的辅助工具
sudo apt install -y --no-install-recommends software-properties-common dirmngr

# 添加 CRAN 密钥和仓库
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

# 安装 R
sudo apt install -y r-base

2. 安装 Shiny 包

首先安装系统依赖项（用于 httpuv、openssl 等）。

sudo apt install -y libcurl4-gnutls-dev libcairo2-dev libxt-dev libssl-dev

# 安装 Shiny 包（以 root 身份，使其全局可用）
sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""

第二部分：安装 Shiny Server

从 RStudio (Posit) 下载最新版本。

# 在以下网址检查最新版本：https://posit.co/download/shiny-server/
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-18.04/x86_64/shiny-server-1.5.22.1017-amd64.deb

# 安装
sudo gdebi shiny-server-1.5.22.1017-amd64.deb

验证其是否正在运行：

sudo systemctl status shiny-server

应显示 active (running)。

开放防火墙：
Shiny Server 默认在端口 3838 上运行。

sudo ufw allow 3838

在浏览器中访问 http://your-server-ip:3838。您应该会看到“Welcome to Shiny Server!”页面。

第三部分：部署应用

位置 1：系统级应用 (/srv/shiny-server)

这是默认位置。

  1. 删除示例应用：

    sudo rm -rf /srv/shiny-server/*

  2. 部署您的应用：
    使用 git 拉取您的应用代码。

    cd /srv/shiny-server
sudo git clone https://github.com/yourname/my-shiny-app.git

  3. 安装应用依赖项：
    如果您的应用使用 ggplot2 或 dplyr，请全局安装它们：

    sudo su - -c "R -e \"install.packages(c('ggplot2', 'dplyr'))\""

您的应用现在位于：http://your-server-ip:3838/my-shiny-app/

位置 2：用户级应用 (~/ShinyApps)

允许用户在各自的主目录中托管应用（例如，http://server:3838/miana/app1）。

  1. 编辑配置：

    sudo nano /etc/shiny-server/shiny-server.conf

  2. 添加 user_dirs：

    run_as :HOME_USER:;

server {
  listen 3838;
  
  location / {
    user_dirs;  # 启用 ~/ShinyApps
    directory_index on;
  }
}

  3. 创建目录：

    mkdir ~/ShinyApps

  4. 重启服务器：

    sudo systemctl restart shiny-server

第四部分：生产环境最佳实践

1. 在端口 80/443 上运行（Nginx 反向代理）

不要让用户输入 :3838。使用 Nginx 转发流量。

sudo apt install nginx

编辑配置：/etc/nginx/sites-available/shiny

server {
    listen 80;
    server_name apps.yourdomain.com;

    location / {
        proxy_pass http://127.0.0.1:3838;
        proxy_http_version 1.1;
        proxy_set_header Upgrade $http_upgrade;
        proxy_set_header Connection "upgrade";
    }
}

启用它：

sudo ln -s /etc/nginx/sites-available/shiny /etc/nginx/sites-enabled/
sudo systemctl restart nginx

2. 使用 HTTPS 加密（Let's Encrypt）

切勿通过 HTTP 运行应用。

sudo apt install certbot python3-certbot-nginx
sudo certbot --nginx -d apps.yourdomain.com

3. 日志文件

故障排除？检查日志：

  • 系统日志： /var/log/shiny-server.log
  • 应用日志： /var/log/shiny-server/app-name-timestamp.log

故障排除

"发生错误"（灰色屏幕）

此通用错误信息隐藏了详细信息。

  1. 检查 /var/log/shiny-server/ 中的日志。
  2. 确保 library() 调用中使用的所有 R 包都已全局安装（使用 sudo R）。

"与服务器断开连接"

原因： 应用超时或 WebSocket 问题。
修复： 在 shiny-server.conf 中增加超时时间：

app_idle_timeout 300; # 5 分钟

权限被拒绝

Shiny Server 默认以用户 shiny 身份运行。确保它可以读取您的文件：

sudo chown -R shiny:shiny /srv/shiny-server

另请参阅：

Server Setup R